Охраняемые природные территории являются одним из ключевых инструментов сохранения крупных экосистем и поддержания стабильности природных условий в масштабах регионов. Природные комплексы сохраняются на особо охраняемых природных территориях со всей сложностью и многообразием их экологической структуры. 

Целью создания ФГБУ «Государственный заповедник «Джергинский» является сохранение комплекса Икатского хребта, истоков реки Баргузин, изучения естественных процессов и явлений, растений и животных. Он расположен в одном из замечательных уголков Байкальской Сибири – Северо-Восточном Прибайкалье на территории 238, 594 га. Заповедная территория находится на стыке трёх крупных горных массивов Баргузинского хребта с его снежными пиками, Южно-Муйского и Икатского хребтов с их удивительными межгорными котловинами, где берёт своё начало могучая река Баргузин, один из крупнейших притоков озера Байкал. Джергинский заповедник – это комплекс уникальных геологических и водных объектов, своеобразных ландшафтов, очагов сосредоточения редких или находящихся на грани исчезновения видов растений и животных. Этот район – одна из жемчужин Байкальского горного пояса. Здесь проходит северо-восточное окончание Баргузинского хребта, представляющего собой один из самых молодых горных хребтов, опоясывающих озеро Байкал. В пределах заповедника хребет представляет собой обширную высокогорную область с множеством великолепных пиков (2500-2800 м) и узких V-образных долин, склоны которых отшлифованы древними ледниками. Икатский и Южно-Муйский хребты являются логическим продолжением друг друга на территории заповедника. 

Сердцем заповедника можно назвать реликтовую ледниковую Амутскую котловину. Здесь расположено множество крупных и мелких кристально чистых озёр. Котловина появилась в результате деятельности ледников древнего оледенения. Когда много веков назад ледник двигался в котловине, по его краям образовались огромные валы из каменных глыб и грязи, которые стали природными плотинами. В результате возникли живописные ледниковые озера, самым большим среди которых является озеро Амут. Удивителен бессточный водоём котловины – озеро Малан-Зурхен. Живописно озеро Якондыкон, утопающее в зелени кедрового стланика. Примечательны озеровидные расширения реки Баргузин – Боолон-Тамур и Чурикто. 

Флора и фауна заповедника исключительно разнообразны. На его территории встречаются свыше 1322 видов высших растений. Видовой состав животного мира Джергинского заповедника насчитывает около 1209 видов. 

Более 25 лет функционирует заповедник «Джергинский». За это время задачи заповедника существенно расширились и на сегодняшний день главные из них: изучение природного комплекса заповедной Джерги, охрана природы, экологический мониторинг (слежение) процессов и явлений, происходящих в природе, организация и проведение научных исследований, организация рекреационной деятельности. Заповедник «Джергинский» осуществляет выполнение мероприятий по сохранению в естественном состоянии природных комплексов (противопожарные и биотехнические мероприятия, мероприятия по охране и защите лесов), выявление и пресечение нарушений установленного режима или иных правил охраны и использования окружающей среды и природных ресурсов на территории заповедника, привлечение виновных лиц к установленной законом ответственности. Одна из основных задач - это охрана территории с целью выявления и пресечения нарушений установленного режима ООПТ. Охрана ООПТ от пожаров ведётся с использованием современных спутниковых систем обнаружения очагов возгораний, наземного и авиационного патрулирования. 

Заповедник «Джергинский» сейчас - это не только территория, где изучают и охраняют природу, где обитают редкие виды животных и растений. Это территория особой силы, особой энергетики, где люди заряжаются доброй, позитивной энергией, помогающей выжить им в нашем непростом мире. Ежегодно заповедную территорию посещают люди самых разных возрастов и профессий. Джергинский заповедник уникален тем, что влияние человека на его экосистемы минимально ввиду отсутствия промышленных центров и крупных населённых пунктов в радиусе 200 км. Природа заботливо укрыла самые прекрасные уголки в удалённых от человека труднодоступных местах, что позволяет сохранить дикую природу заповедника нетронутой в её первозданной красоте.