Родился в с. Чайковка (ныне село Чайковка Любашевского района Одесской области Украины). Окончил среднюю школу. В 1917 году вступил в отряд Красной Гвардии. В Красной Армии - с мая 1919 года. Всю Гражданскую войну прошёл в составе 17-й кавалерийской дивизии. В 1922 - 1923 годах - помощник командира эскадрона и помощник начальника полковой школы в 17-м кавалерийском полку 3-й кавалерийской дивизии. В 1924 году окончил курсы при 2-м кавалерийском корпусе, в 1927 году - Киевскую объединённую военную школу краскомов.

   С августа 1927 года - начальник полковой школы 40-го кавалерийского полка 7-й кавалерийской дивизии. С сентября 1929 по август 1931 года - командир и комиссар 41-го отдельного кавалерийского эскадрона 3-го кавалерийского корпуса. В 1936 году окончил Военную академию РККА имени М.В. Фрунзе. В октябре 1936 года назначен командир 108-го кавалерийского полка Бурят-Монгольской отдельной Краснознаменной кавалерийской дивизии. С 5 ноября 1937 года - командир Буркавбригады (с июня 1938 года - 5 Забайкальская кмвбригада).

   С августа 1939 года - командир 91-й стрелковой дивизии, сформированной в Ачинске. Во главе дивизии участвовал в советско-финской войне 1939-1940 годов. Звание генерал-майора ему присвоено 4 июня 1940 года. С августа 1941 года - на фронте Великой Отечественной войны в той же должности. Его 91 стрелковая дивизия действовала в составе 19-й армии Западного фронта, участвовала в Смоленском оборонительном сражении, героически обороняла Москву. Участвовал в Белгородско-Харьковской, Кировоградской, Уманско-Ботошанской операциях.

   С марта 1944 года - командир 33-го гвардейского стрелкового корпуса (5-я гвардейская армия, 1-й Украинский фронт). Гвардии генерал-лейтенант Лебеденко Н.Ф. проявил талант военачальника в ходе Львовско-Сандомирской наступательной операции. В августе 1944 года 46-й танковый корпус противника предпринял контрудар в районе польского города Баранув с целью захвата переправ через реку Вислу и окружения советских войск на Сандомирском плацдарме. И тогда корпус Лебеденко получил приказ остановить врага.

   Совершив 50-километровый марш, части корпуса внезапно атаковали противника. При этом командир корпуса сумел добиться массированного удара всеми силами корпуса и избежал его ввода в бой по частям. Немецкое наступление было остановлено. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 23 сентября 1944 года генерал-лейтенанту Лебеденко Никите Федотовичу присвоено звание Героя Советского Союза.

   Награжден орденами - Ленина, двумя Суворова II степени, Богдана Хмельницкого II степени, шестью Красного Знамени. С мая 1945 года - военный комендант города Дрезден. С октября 1945 по март 1948 года - военный комендант Вены. В 1949 году отважный генерал окончил Высшие академические курсы при Высшей военной академии имени К.Е. Ворошилова.

   С апреля 1949 года - командир 9-го гвардейского стрелкового корпуса. С мая 1952 года - в запасе. Похоронен в Москве на Введенском кладбище. Улица в городе Ачинске Красноярского края, посёлке Тучкове Рузского района Московской области и село, в котором жил Н.Ф. Лебеденко, носят имя Героя.

Герой Советского Союза

Орден Ленина

Орден Красного Знамени

Орден Богдана Хмельницкого I степени

Медаль «За оборону Москвы»

Медаль «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг.»

Орден «Легион почёта» степени командора

Чехословацкий Военный крест 1939

Кавалер ордена «За воинскую доблесть»

Орден «Крест Грюнвальда» II степени